Você está insatisfeito com a funcionalidade interna do profiler, onde você pode combinar arquivos de dados perfmon?
A mágica acontece no Profiler com a opção File- > Import Performance Data ... O que isto significa é que você pode clicar no seu gráfico de execução (onde sua CPU está aumentando) e o profiler pulará para a captura correspondente que estava acontecendo naquele momento.
Este foi um novo recurso introduzido no SQL Server 2005.