Isso porque a versão do mod_python que você está usando foi compilada para o Python 2.5 e não 2.5.4.
No Windows, isso não é um problema porque a biblioteca python é carregada dinamicamente, portanto, você sempre terá a versão mais recente.
É diferente de sistemas unix em que é estático.
O que você pode fazer para remover este aviso, é compilar sua versão do mod_python para sua versão atual do Python, mas preferivelmente use o última versão do mod_python (3.3.1 agora).