Sim, como você está usando o ADFS para logins do Office 365, basta configurar o ADFS para usar o servidor MFA. O Office está efetivamente entregando o processo de autenticação à sua configuração do ADFS.
Compramos a Autenticação Multifatores da Microsoft (no local). Como faço para integrar isso com o Office 365?
Temos a sincronização do Azure AD Connect no AD do local para o Azure. Também temos a instalação do AD FS para habilitar o SSO para o Office 365. Eu só preciso instalar o servidor MFA no servidor ADFS e configurá-lo como qualquer outro aplicativo ADFS? Nós usaremos o servidor MFA para proteger alguns outros aplicativos, e é por isso que não estamos usando o Office 365 MFA.