If I use root as user and group for php-fpm pool, is there any security issue?
Sim, esta é uma questão de segurança, de fato. Qualquer vulnerabilidade no PHP-FPM ou (o que é ainda pior) em qualquer aplicativo manipulado por este conjunto PHP-FPM dá acesso ao invasor root.
O PHP-FPM foi projetado para executar pools com privilégios não-root, possivelmente diferentes dos privilégios de www-server, que é considerado mais seguro. A execução de pools com privilégios de root é o oposto disso.