Eu não sei como você conseguiu recuperar uma matriz RAID-5 com falha de 4 discos quando dois deles falharam, mas eu não apostaria na integridade de qualquer coisa que você tenha recuperado.
A corrupção de arquivos pode existir mesmo que não seja detectada pelo próprio utilitário de disco de verificação do Windows, e a corrupção nos arquivos do SO pode e será leva a qualquer tipo de comportamento estranho (se o sistema afetado for capaz de inicializar).
Você pode tentar usar o DISM para restaurar a integridade do sistema, montando um VHD em outro sistema e executando o DISM nele; veja detalhes aqui . É improvável que funcione em um sistema altamente corrompido, mas pode, possivelmente, torná-lo pelo menos utilizável.
Acabei de recuperar tudo o que puder dos VHDs (se pudermos confiar que os dados deles são consistentes, o que duvido muito) e reconstruir os sistemas a partir do zero.