Não há mecanismo para re-pavimentar uma VM existente. Mas ...
A qualquer momento, você pode criar uma nova VM a partir de uma imagem de galeria (como uma das imagens de linha de base do Linux - Ubuntu, CentOS, etc). Se você tiver um serviço de nuvem existente ( xyz.cloudapp.net ), basta colocar sua nova VM limpa nesse serviço de nuvem. Você ainda precisará incluir o mapeamento de ponto de extremidade, mas isso deve ser uma parte trivial do processo de criação (especialmente se você estiver usando o PowerShell ou a CLI para criar a VM). A nova VM terá um novo VHD (armazenado em seu próprio blob, independente do vhd da VM original).
Você também pode excluir sua VM antiga (e o vhd relacionado) sem excluir o Serviço em Nuvem existente.
Apenas observe: Se você tivesse anexado discos em sua VM original (e assumindo que eles tinham dados ou arquivos que você queria manter), você deve separá-los primeiro (sem excluí-los). Então, depois que sua nova VM for criada, você poderá anexá-las novamente à nova VM.