Finalmente, encontramos uma solução.
O problema não é apenas com o Windows Server 2k16, mas também com o Windows 10 em geral.
1) Para remover a caixa irritante que aparece, exportamos o arquivo Associações padrão e implantou o via Group Política , observe que o arquivo de associações padrão tinha apenas arquivos de Internet Protocols / web, e todos apontavam para o Internet Explorer.
2) Para interromper a abertura do Internet Explorer na inicialização, nós demos de cara com este artigo , que sugeriu que implantássemos essa chave de registro:
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\NlaSvc\Parameters\Internet\EnableActiveProbing = 0
Isso classificou nosso problema.