deja-dup usa é uma GUI que usa duplicity como o back-end e, portanto, há apenas opções limitadas de linha de comando. Você pode executar man deja-dup e ver as várias opções disponíveis. Por exemplo, para iniciar uma execução de backup:
deja-dup --backup
ou para restaurar um arquivo file :
deja-dup --restore file
(Observe que esses comandos apenas invocam a GUI do terminal)
Para obter opções mais poderosas a partir da linha de comando, você deve considerar a possibilidade de instalar a duplicidade que é estritamente uma CLI.