Aqui está um simples partman/early_command que faz exatamente o que eu queria
d-i partman/early_command \
string debconf-set partman-auto/disk "$(echo /dev/'ls -l /sys/block/[hs]d* | grep -v "usb" | head -n1 | sed 's/^.*\([hs]d[a-z]\+\).*$//'')"
Este early-command é executado imediatamente antes de partman ser executado. Ele define dinamicamente o valor da configuração partman-auto/disk do debian-installer .
O comando entre $( e ) gera o primeiro disco rígido encontrado que não é uma unidade USB.