O único backup suportado pelo AD é o estado do sistema (ou equivalente de terceiros). Você não pode simplesmente colocar uma nova cópia do ntds.dit no local antigo e reinicializar. Bem, você pode, mas esse não é um método de restauração suportado. ;)
Para o Exchange, seu software de backup precisa estar ciente do Exchange para receber suporte. Além disso, o Exchange 2007 e superiores armazenam muitas informações no Active Directory (veja acima).
O HyperV quer um backup no nível do VSS.
Quanto a servidores de arquivos, servidores de terminal e MSSQL, o SQL Server tem seu próprio backup interno que você deve estar executando (e fazendo backup dos arquivos criados), e você pode perder as impressoras ou algo assim se não usa t fazer um estado do sistema nos servidores de terminal e servidores de arquivos, mas é sobre isso. Você pode decidir que não precisa de um estado do sistema neles (embora eu não vá dizer isso porque não sei exatamente o que você tem nesses servidores).
No entanto, pode ser mais fácil restaurar com um backup de estado do sistema. Eu, pessoalmente, faço backup de todos os meus servidores locais com algo que me permite fazer uma restauração bare-metal.