Um é um certificado público, o outro é uma chave. Como Federico declarou nos comentários, essa questão aborda isso muito bem.
Dito isto, o que você está tentando fazer?
Eu tenho um arquivo PEM que se parece com:
-----BEGIN CERTIFICATE-----
...
-----END CERTIFICATE-----
que eu posso converter para outro arquivo PEM usando: openssl x509 -in key.crt -pubkey -noout
. O novo arquivo PEM agora se parece com:
-----BEGIN PUBLIC KEY-----
...
-----END PUBLIC KEY-----
minha pergunta é, qual é a diferença entre esses dois arquivos?
Um é um certificado público, o outro é uma chave. Como Federico declarou nos comentários, essa questão aborda isso muito bem.
Dito isto, o que você está tentando fazer?