Para responder à sua pergunta específica, adicione isso a persistent-net.rules:
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="AA:AA:AA:AA:AA:AA", ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="BB:BB:BB:BB:BB:BB", ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth0"
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="CC:CC:CC:CC:CC:CC", ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
SUBSYSTEM=="net", ACTION=="add", DRIVERS=="?*", ATTR{address}=="DD:DD:DD:DD:DD:DD", ATTR{dev_id}=="0x0", ATTR{type}=="1", KERNEL=="eth*", NAME="eth1"
Deixe o persistent-net-generator.rules sozinho. O udev não substituirá as regras adicionadas manualmente, mas as regras do gerador farão com que novas regras sejam adicionadas para novos cartões, como de costume.