Parece que há um deslocamento de 4 bytes no dump. O ethertype é "0800", mas o tcpdump acredita que o ethertype é "0045", que é realmente o começo do cabeçalho IP.
Talvez você esteja usando uma VLAN (que adiciona 4 bytes ao quadro). Sim, isso pode estar relacionado ao descarregamento ou à interface (por exemplo, use eth0.X em vez de eth0, onde X é a VLAN). E não, isso não soa prejudicial.