Você não pode fazer isso por meio de modelos do CloudFormation. Como você sugeriu, ele terá que ser tratado através do script de dados do usuário.
Basicamente, como é possível criar alarmes individuais por instância dentro de um grupo de escalonamento automático criado com um modelo do CloudFormation?
Eu posso referenciar o próprio ASG em um alarme e criar alarmes no nível do ASG, mas não consigo especificar as dimensões como "qualquer instância do EC2 pertencente a este ASG".
É possível ou é minha única opção de script de dados do usuário?