Eu resolvi o problema. wso2esb estava usando mais de 1000 threads. Mas no linux a quantidade padrão de Threads que um usuário pode usar é definida como 1024. Eu tive que aumentar o limite para o meu usuário, agora tudo funciona bem.
Para fazer isso: Abra o /etc/security/limits.conf e adicione as seguintes duas linhas para o seu usuário:
myuser soft nproc 8192
myuser hard nproc 8192