Parece que, quando o NRPE é iniciado, ele procura bombur.example.com
e usa o primeiro endereço (IPv4, neste caso) da entrada allowed_host
.
A maneira mais simples de contornar isso é usar apenas dois nomes de host. Por exemplo, bombur4.example.com e bombur6.example.com resolvem apenas os endereços IPv4 e IPv6, respectivamente.
Se isso não fosse uma opção por algum motivo, você teria que listar os dois IPs explicitamente (e esperançosamente usar um sistema de gerenciamento de configuração).