Ainda não fiz uma instalação do Windows Server 2012 R2 Essentials em um domínio do Windows Server 2012 AD existente, mas acabei de instalar um domínio do Windows Server 2003 AD na semana passada e funcionou bem. Consegui ingressar no domínio existente, promover minha máquina W2K12 R2 Essentials em um controlador de domínio e, em seguida, aposentar o Windows Server 2003 DC existente. Funcionou muito bem.
Se eu estivesse na sua situação, eu:
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Associe uma máquina virtual temporária ao domínio (executando W2K12 Standard no modo de avaliação, se nada mais)
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Demore o DC atual do W2K12 Essentials de volta a ser um servidor membro
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Mova os arquivos para fora do volume "C:" da máquina do W2K12 Essentials que você precisa salvar
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Reformate o volume "C:" e instale o novo software W2K12 R2 Essentials como uma réplica controlador de domínio nessa máquina
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Migre os arquivos de volta para a nova máquina W2K12 R2 Essentials
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Conclua o processo de instalação que termina com o rebaixamento e a remoção da VM temporária
Eu zombaria disso com as VMs antes de fazer isso, só para ter certeza de que tudo funcionou bem na vida real. Parece um plano sólido para mim.
Eu não faria nenhum tipo de "backup / restauração" do AD ou qualquer tipo de migração do AD. Usar a funcionalidade de replicação existente do AD é a maneira de lidar com esse problema.