Você já olhou para o serviço Themes? Eu acho que quando isso está desativado você vê o desktop não-Aero. Talvez seja interrompido por padrão, mas fazer login como administrador aciona o serviço para iniciar. Então, para logins subseqüentes, o serviço já estaria em execução.
Você mencionou a Política de Grupo. Eu encontrei um monte de configuração de temas na Diretiva de Grupo > Configuração do usuário > Políticas > Modelos Administrativos > Painel de controle > Personalização. Talvez existam políticas direcionadas a administradores que ativam recursos adicionais?