Isso depende muito da maneira como você executa scripts PHP em seu servidor. Mas na maioria dos casos você pode usar um profiler PHP.
Eu quero encontrar qual script PHP no meu servidor usando mais poder de CPU, como posso verificar?
Existe algum comando ou script para verificar quais arquivos php (com sua localização completa) consomem mais energia da CPU?
Isso depende muito da maneira como você executa scripts PHP em seu servidor. Mas na maioria dos casos você pode usar um profiler PHP.
se você estiver usando o apache, você pode ativar o mod_status com extendestatus = on para que você possa monitorar o uso de CPU por script, consulte link