Eu resolvi meu problema, mas ainda não encontrei a causa / origem exata, por isso ainda estou aberto para ouvir os outros.
Basicamente, os plugins mysql do munin são escritos em perl, use o IPC :: ShareLite.
Usando o strace , consegui determinar que o problema é que o aplicativo fica preso em um semop em um ID de semáforo específico. Usando ipcs e ipcrm , consegui remover o semáforo e fazer o plug-in funcionar corretamente novamente.
strace me fornece o semid como o primeiro argumento passado para o semop . Com ipcrm -s semid , eu removo o semáforo do sistema, o que corrige o problema.
Assim, sou levado a acreditar que algo deu errado com o semáforo (talvez a disputa, mas não vejo de que ...).