Isso ocorre porque mod_fastcgi usa select () como uma opção de multiplexação. Select é muito ruim para essas coisas, a página man especifica para select;
An fd_set is a fixed size buffer. Executing FD_CLR() or FD_SET() with a value of fd that is negative or is equal to or larger than FD_SETSIZE will result in undefined behavior. Moreover, POSIX requires fd to be a valid file descriptor.
FD_SETSIZE é normalmente 1024, portanto, os descritores de arquivo acima de 1024 não são suportados em geral. Você pode mexer com os tamanhos de inclusão FD_SETSIZE como você fez, mas fazer alterações como essa também pode afetar outros programas que visam ser compatíveis com POSIX. Na minha opinião, se o escritor do aplicativo está sugerindo alterar o código-fonte do sistema para fazer este trabalho, então o aplicativo está fundamentalmente quebrado.
Sugiro sair do mod_fastcgi e usar outra implementação. Dependendo de como você está olhando seus daemons FastCGI pode depender de como você faz isso.
mod_fcgid
é uma opção ou os novos apaches podem usar mod_proxy_fcgi
.