Você pode instalar o SCVMM 2008 R2 e 2012 em um servidor físico ou em uma máquina virtual - totalmente suportado. A escolha é sua. Lembre-se de que, se você perder o host do Hyper-V que está hospedando a VM do SCVMM, precisará recorrer ao Gerenciador do Hyper-V para gerenciar seus hosts do Hyper-V.