A ferramenta de linha de comando ec2-create-image tem uma opção --block-device-mapping para definir os volumes associados a novas instâncias.
No seu caso específico, você pode querer suprimir a criação e anexação automática do volume do banco de dados, especificando algo como:
ec2-create-image --block-device-mapping /dev/sdh=none [...]
Isso permitirá que você crie e anexe seus próprios volumes às novas instâncias.
Como alternativa, você pode especificar que um volume vazio seja criado e anexado quando uma nova instância for iniciada:
ec2-create-image --block-device-mapping /dev/sdh=:20:false [...]
Quando você executa uma instância, pode substituir o tamanho desse volume usando a opção --block-device-mapping para ec2-run-instances .
Também vale a pena aprender sobre o sinal delete-on-termination para --block-device-mapping , para que você entenda como controlar se o segundo volume deve ser excluído automaticamente quando a instância for encerrada.