Eu estou supondo que o problema aqui é que o checkconfig verifica os scripts init do estilo antigo, e você tem um novo script de inicialização upstart.
Vá para /etc/init/mysql.conf e altere start on (net-device-up and local-filesystems) para start on runlevel [!0123456] Se você precisar iniciá-lo manualmente service mysql start fará o truque. Este tópico nos fóruns do Ubuntu é aprofundado no processo
Um pouco mais de fundo - o chkconfig funciona em scripts de init da velha escola - eles são conhecidos como scripts / etc / rc, mas o formato usado no ubuntu era /etc/init.d. Para listar scripts - de acordo com esta pergunta na AU , o comando que você deve usar em vez de chkconfig é initctl list . Não vai mudar runlevels para você como chkconfig seria tho.