Crie um novo domínio, inicie-o em uma versão recente do Windows Server desta vez e sempre tenha pelo menos dois controladores de domínio em execução. E certifique-se de que um deles esteja em uma máquina física, já que ter todos os seus controladores de domínio virtualizados causa mais problemas do que resolve.
No tempo que você levará para tentar restaurar o antigo domínio 2000 em uma nova instalação do Windows 2000 (eewww) e fazê-lo funcionar como costumava ser, você pode criar um novo que funcione melhor desde o início e ter "criado nova floresta e domínio do AD" em seu currículo. Pode querer deixar de fora o seu estado, mas a maioria dos administradores não consegue criar uma nova floresta de produção e, como tal, é uma experiência valiosa.
Então, pode funcionar, mas provavelmente eu não perderia muito do meu tempo tentando fazer isso funcionar. Na melhor das hipóteses, seria uma coisa temporária: "use isso por alguns dias enquanto crio o novo domínio".