Ele simplesmente pegará informações do banco de dados e criará o httpd.conf a partir de bons valores conhecidos. Ele não reverterá domínios hospedados no CPanel, mas se você tiver feito alterações personalizadas no httpd.conf, elas serão revertidas.
O comando geralmente é usado quando um sysadmin rompe o httpd.conf fazendo edições manuais.