Sim, use um script para copiar o backup para outro local (no mesmo servidor) todos os dias. (Tarefa agendada, script que é executado em segundo plano e monitora constantemente o local de backup ou qualquer outra coisa se você tiver uma preferência diferente.) Dessa forma, não importa se os Serviços de backup substituem o backup diariamente ou não, porque você tem um cópia dos backups de cada dia em algum lugar que não será sobrescrito.
Dito isso, eu realmente recomendaria uma solução de backup adequada. Os backups nativos do Windows são mais uma dor do que estou disposto a tolerar.