De qual aplicativo você recebe essa mensagem?
Parece mais provável que o aplicativo em si (ou a estrutura do aplicativo) esteja bloqueando o arquivo em vez do pool de aplicativos em si.
Para o futuro, execute cada site em seu próprio pool de aplicativos e considere a possibilidade de executar qualquer aplicativo que precise ser reiniciado separadamente de outros em seu próprio pool de aplicativos também.
O pool de aplicativos é a unidade de robustez; o aplicativo (ou AppDomain para aplicativos ASP.Net) é um contêiner que tem separação lógica, mas não completa.