Ok, parece que não entendi o conceito dos pontos de instalação administrativa (AIPs). A leitura do Enterprise Administration Guide ajudou a esclarecer isso ( link ).
Em vez de criar um novo msi com tudo compactado internamente para cada pequena atualização, você cria uma instalação administrativa em um local de rede, onde pode rapidamente e facilmente integrar os patches quando eles são lançados.