O ClamAV não se sai bem em muitos testes de antivírus (porcentagem detectada) - é melhor encontrar um antivírus comercial com versão do Linux que tenha boas avaliações em testes independentes. Veja link - no entanto link mostra que está no meio do pacote.
O ClamAV não encontrará o tipo mais comum de malware presente nos servidores da Web Linux, ou seja, o malware baseado na Web que compromete o site, em vez do próprio servidor da Web. Você pode usar o LMD para encontrar esses tipos de malware normalmente: link
Como os vírus que afetam o sistema operacional Linux são raros para inexistentes, eu focalizaria as verificações antivírus (ClamAV ou outras) nas áreas em que os arquivos Mac / Windows poderiam ser carregados e executaria o LMD em todas as raízes da Web.
Você pode querer também configurar o rkhunter para varrer o sistema inteiro em busca de rootkits conhecidos. (O projeto chkrootkit parece estar inativo desde 2009)