Em contraste com o comentário de @Christopher:
1) A implementação de uma AMI customizada por meio do EB é um antipadrão. Toda vez que o EB atualiza a plataforma base, você precisará recriar sua AMI personalizada.
2) Sim, as alterações de configuração manual no servidor são anti-padrão. Mas especificar a configuração como parte de sua unidade de implementação é uma prática recomendada.
Veja a documentação do AWS EB em Personalizando o software em servidores Windows .
3) Você não deve ter nenhum estado em seu servidor que precise de backup. Tudo o que você precisa para implantar o aplicativo está no pacote de implantação e na configuração do EB. O EB usa verificações de saúde e escalonamento automático para garantir que seu ambiente esteja sempre em execução.