Finalmente, encontrei a resposta na lista de discussão do usuário do bind.
Em vez de usar nsupdate, devo usar o próximo comando:
rndc signing -nsec3param 1 1 100 $(head -c 512 /dev/random | sha1sum | cut -b 1-16) <zonename>
Espero que esta pergunta ajude alguém no futuro.