Você não deseja configurar o IIS usando serviços de cluster. Não é para isso que o Windows Clustering é. Em essência, o Windows Clustering é para reiniciar um serviço se ele falhar - mas com a capacidade de reiniciar o serviço em outra máquina se a máquina falhar. Você não alcançará nenhum de seus objetivos e confundirá todos.
Você desejará configurar dois servidores IIS independentes. Você desejará configurar um compartilhamento de arquivos que use o clustering do Windows. Você criará um diretório virtual em cada servidor IIS que mapeia para o compartilhamento de arquivos em cluster que você criou.
Você precisará balancear a carga dos dois servidores IIS. Eu sugeriria NLB porque é rápido e faz o trabalho, mas você não o fará por algum motivo. Até recentemente, eu estava usando o NLB em 10 servidores da Web e obtendo 240 milhões de visualizações de páginas por mês sem problemas.
Não sei como você fará o balanceamento de carga de seus servidores da Web, a menos que tenha um dispositivo de balanceamento de carga ou outro software.
Então, em revisão:
WEB: Cenário A: Você tem dois servidores da Web executando a 35%. Um cai. Seu balanceador de carga continua direcionando o tráfego para o servidor da Web restante, que agora está em 70%.
Cenário B: Se você usou o Windows Clustering, você teria dois servidores da Web executando a 35%. Um falha e faz com que outra instância do IIS seja iniciada no outro nó. Agora você tem um nó executando duas instâncias do IIS em 70% - que é exatamente onde você está no cenário A, exceto que agora você tem toneladas de sobrecarga inútil na execução de um cluster do Windows que não está sendo usado corretamente.
FILESHARE: Você tem um cluster de compartilhamento de arquivos do Windows. Uma máquina trava. O compartilhamento de arquivos falha e as coisas continuam normalmente.
SQL: O mesmo que o compartilhamento de arquivos.
Você pode colocar seu fileshare e SQL no mesmo cluster. Você não terá problemas.
Então, você precisa de quatro computadores e um armazenamento compartilhado. Dois servidores Web independentes, dois nós para um cluster do Windows com armazenamento compartilhado com um nó executando SQL e o outro executando o compartilhamento de arquivos (ou ambos no mesmo nó).
Não complique as coisas. Mantenha isso simples.