Só porque seu servidor não está respondendo, o tráfego não nega sua existência: iptables (ou qualquer outro firewall "local") "descartar" um pacote é o equivalente tecnológico de ter alguém gritando com você e simplesmente não respondendo .
O TCP verá os pacotes "perdidos" como perdidos, e a outra extremidade da conexão deve se regularizar automaticamente (os pacotes descartados serão tentados novamente, e o sistema de envio voltará a sua taxa de transmissão até que não veja mais a perda de pacotes), mas isso pode demorar um pouco para que a taxa de envio se estabilize.
(Pense nisso como o equivalente tecnológico de responder à pessoa que grita a cada terço da quarta vez em que eles tentam chamar sua atenção - eventualmente, eles receberão a dica e começarão a perguntar apenas uma vez. Espero.).