Eu tentei usar o 'Include Editor' do WHM (para edições httpd.conf que sobrevivem a uma atualização), mas decidi usar um arquivo .htaccess em /usr/local/cpanel/cgi-sys/
. Tenho certeza de que há uma maneira provavelmente melhor de fazê-lo, mas isso funciona para mim:
# cat /usr/local/cpanel/cgi-sys/.htaccess
RewriteEngine On
RewriteRule ^guestbook.cgi$ [G,L]
# chattr +i /usr/local/cpanel/cgi-sys/.htaccess