Você tem um problema com o aplicativo Java. Faça 2-3 dumps de thread com kill -3 <jvm_pid>
. Você pode encontrar os dumps de segmento no arquivo /proc/<jvm_pid>/fd/1
. Envie os dumps de encadeamento para o desenvolvedor de Java para procurar encadeamentos presos ou bloqueados.
A mesma coisa pode acontecer com o PHP também. Verifique o status do apache para ver quantas conexões você tem e em qual estado e em qual página elas estão.
Editar: Como uma solução feia, você pode reiniciar o processo java em vez de reiniciar a VM.