Por favor, note que o reinício é feito a qualquer momento cPanel faz uma atualização para a configuração do Apache. Não é o mesmo que uma reinicialização completa do Apache. Após uma reinicialização normal, o tempo de atividade informado por /usr/local/apache/bin/apachectl status
permanece o mesmo. Uma reinicialização simples é realmente um recarregamento dos valores de configuração e não deve afetar o funcionamento de seus sites.
No seu caso, a reinicialização gradual está demorando muito tempo, isso significa que deve haver um problema com o servidor cPanel. Nesse caso, você precisa entrar em contato com o administrador do servidor e verificar novamente o problema. Além disso, se você quiser, pode abrir o ticket no tíquete de suporte do cPanel .