Você pode usar um dos ganchos do git?
Provavelmente o gancho pós-pagamento.
A empresa em que trabalho está usando o Git para implantação e, por isso, substitui permissões e propriedades específicas. Qual é a melhor maneira de garantir que as propriedades e permissões da pasta sejam preservadas quando um git pull é realizado?
Eu faço desenvolvimento no OS X, usando o MAMP, envio para um servidor de teste que é um clone do ambiente em produção. Quando chega Staging eu tenho que corrigir as permissões depois, mas eles geralmente são configurados para 664 em vez de 644, causando problemas com suPHP.