Para cada produto que você deseja instalar, você deve verificar sua string de desinstalação aqui: HKEY_LOCAL_MACHINE \ SOFTWARE \ Microsoft \ Windows \ CurrentVersion \ Uninstall. Nem todo produto funciona com msiexec / x. Os aplicativos do Office 2010 e installshield são bons exemplos.
Para os aplicativos Installshield, você terá que passar pelo doloroso processo de criar um arquivo de resposta de desinstalação removendo-o manualmente primeiro e depois usando-o.
aqui é uma boa discussão sobre os problemas para remover aplicativos do InstallShield.
Talvez tente desinstalar um aplicativo primeiro através do pacote normal de distribuição de software e veja se isso funciona. Então você pode começar a adicioná-los a uma sequência de tarefas. Tenha em mente que uma sequência de tarefas não permite interação com o usuário.