A questão da implementação do IPv6 é uma questão em aberto que é realmente muito longa para entrar em detalhes aqui nesta página. Mas tentarei abordar sua pergunta sobre configuração automática de endereço.
Primeiro de tudo, em um ambiente IPv6, pode não ser necessário executar o DHCP - a configuração automática de rede e a atribuição de endereços geralmente são feitas usando a autoconfiguração sem estado, onde o roteador anuncia o prefixo usado nessa LAN específica e (simplificando ) o cliente combina o prefixo da rede com o endereço MAC do computador para configurar a rede. Anúncios de roteador também podem conter informações de DNS. Há também uma versão IPv6 do DHCP, mas não está totalmente claro se isso será útil em sua implantação.Algumas referências úteis podem ser IPv6.com: IPv6 - Configuração automática x DHCPv6 de Kaushik Das e os artigos da Wikipedia sobre DHCPv6 e o Protocolo de Descoberta Vizinho .
Finalmente, como um pouco de lado, noto que você parece pensar em termos de "converter" sua rede em IPv6. Não é tão simples assim. O IPv6 e o IPv4 não são interoperáveis - uma máquina com IPv4 não tem como chegar a uma máquina apenas com IPv6. A partir do momento em que este post foi escrito, a grande maioria dos serviços na Internet é acessível usando somente IPv4, e há também muitos aplicativos que você pode usar que não estão prontos para o IPv6, ou talvez você precise se comunicar com computadores que possuem apenas IPv4. Exceto para aplicativos especializados sem necessidade de comunicação com o mundo externo, uma rede somente IPv6 não será prática. Seja o que for que você faça, durante o período em que iremos fazer a transição do IPv4 para o IPv6, que provavelmente levará muitos anos, você desejará executar uma implantação de "pilha dupla", na qual os hosts recebem conectividade IPv4 e IPv6. O IPv6 será necessário além de, em vez de em vez do IPv4.