Acredito que essa pergunta ajuda.
Você precisa vincular alguns dos diretórios, pois o Netbeans acha que você está usando uma versão mais antiga do Tomcat. Na minha experiência, a resposta aceita não funciona, eu precisava fazer:
cd /usr/share/tomcat7
sudo mkdir common
cd common
sudo ln -s ../lib lib
Eu também tive um problema onde ele não pôde ler server-config.xml, o que eu obtive depois que o primeiro erro foi corrigido. Para resolver isso eu fiz:
cd /usr/share/tomcat7
sudo mkdir conf
cd conf
sudo ln -s /etc/tomcat7/server.xml server.xml
sudo chmod o+rx /usr/share/tomcat7/conf
Isso servirá o netbeans com uma estrutura de diretório / arquivo mais antiga que ele espera.