Você precisará configurar um script para ser executado automaticamente no desligamento.
Crie /etc/init.d/vagrant
com este conteúdo:
#!/bin/bash
vagrant global-status | awk '/running/{print }' | xargs -r -d '\n' -n 1 -- vagrant suspend
Torne-o executável e vincule-o aos modos de execução de desligamento:
chmod +x /etc/init.d/vagrant
ln -s /etc/init.d/vagrant /etc/rc0.d/K10vagrant
ln -s /etc/init.d/vagrant /etc/rc6.d/K10vagrant
Você pode testá-lo iniciando algumas VM's vagantes e executando o script como root:
sudo /etc/init.d/vagrant