Brinque com o RollingFileAppenders (Log4J) para revertê-los quando eles ficarem muito grandes e usar trabalhos agendados para excluir logs antigos. Você pode limitar facilmente arquivos de log a 50M ou mais.
Para encerrar o registro, renomeie completamente o logging.properties para outra coisa. O Tomcat usará como padrão o log do console, que é quase como o > / dev / null. Por fim, coloque um comentário em torno de todas as válvulas em seu server.xml para silenciá-las também. Agora feche o tomcat, exclua todos os arquivos de log restantes e inicie o backup. Não deve haver arquivos de log criados em / log.