Sim, fiz exatamente isso no mesmo hardware. (Tentar a mesma coisa em alguns blades da Dell falhou miseravelmente, FWIW.) Geralmente, executamos o sysprep antes desligando a primeira máquina (executando o Windows Server 2003), mas como eles são idênticos ao hardware, não acho que seja essencial.
Quando você move a unidade de um servidor para outro, certifique-se de inseri-la no mesmo slot da unidade ocupada na primeira máquina. E como você disse em sua pergunta, inicialize o novo servidor com apenas o disco instalado, e insira o segundo disco depois que ele for inicializado. Dessa forma, o controlador RAID saberá qual usar como o disco "bom" e será reconstruído no segundo disco.