Na verdade, tenho a ideia de como fazer isso enquanto escrevo esta pergunta. Pode parecer um, mas hacky, mas se eu não perdi alguma coisa ncftp não fornece alguma opção de exclusão.
Então, desde que eu uso um script de qualquer maneira. Eu apenas nego o acesso ncftp a essas pastas temporárias. Resultando na criação, mas vazia .git
e .svn
pastas no servidor ftp.
chmod 000 .svn
chmod 000 .git
ncftpput -R -v -u "user" -p "pass" ftp.own.com /ftp/folder/to/to/place/local/folder/in /local/folder/to/upload
chmod 700 .svn
chmod 700 .git