As ferramentas da VMware podem fazer isso por você, mas o Gentoo não está na lista de compatibilidade de convidados por isso pode não funcionar, ou pode ser preciso muito esforço para começar a trabalhar.
Você pode usar o ntp para manter o relógio atualizado ou programar o ntpdate para ser executado. Não tenho certeza se esses são métodos melhores do que o hwclock -s.
Uma coisa que você pode querer evitar é um método que simplesmente altera o horário do relógio - que resultará em tarefas agendadas sendo ignoradas. O ntp acelera o relógio para chegar ao horário correto. O ntpdate altera o horário do relógio.