Sim. Estive lá, fiz isso. Os contadores podem ficar corrompidos e indisponíveis. Tente isso para corrigir o problema:
Observe que existe uma ferramenta para automatizar esse processo. É chamado de Assistente de recriação de contadores de desempenho. É uma ferramenta interna do MS e geralmente não está disponível para download. Consegui encontrar e fazer o download dele fazendo uma pesquisa no Google, mas não tenho mais nem lembro o URL para isso. Uma pesquisa do Google pode ser útil para você.