Bem, você não fecha um "nó"; você encerra servidores dentro de um nó. Você pode estar confuso com um "Agente do Nó"; mas um Agente do Nó não processa solicitações - ele simplesmente mantém o "link" entre o Deployment Manager e as instâncias do servidor no nó real (é possível encerrar o Agente do Nó e as instâncias do servidor continuariam lidando com solicitações).
Então, a resposta para sua pergunta é simplesmente - parar todos os servidores nesse nó. Uma parada "regular" (ou seja, não uma parada imediata) faz o que você descreve como desejável - primeiro, para de receber novas solicitações, depois para esperar até que todas as solicitações em andamento sejam concluídas - e depois desligar o servidor.