O que pode estar realmente acontecendo é que .bashrc
está sendo executado mais do que você pensa.
Se ele for executado e não houver nenhuma tela X ou variável DISPLAY, o rdesktop falhará e, em seguida, o desligamento será executado. A correção do @ dimmer deve lidar com isso, embora haja uma maneira mais limpa.
Ele deve funcionar se você colocar o comando shutdown após o comando startx
e colocar o comando rdesktop
no usuário .xinitrc
. Isso pode ser um pouco mais limpo e mais robusto. Experimente.