O chrooting é uma boa medida de segurança, ele limita as possibilidades de comprometer o sistema no caso de uma exploração bem-sucedida, mas também há maneiras de fugir de um chroot, então não é uma maneira definitiva de proteger o sistema.
Não tenho conhecimento de qualquer desvantagem em relação ao desempenho e escalabilidade. Com relação ao acesso ao banco de dados, geralmente é feito um link para o soquete dentro do chroot, desta forma você não precisa abrir nenhuma porta de rede para conectividade de banco de dados.
EDIT: abaixo está um exemplo para o acesso ao mysql obtido de um rc.local do OpenBSD (httpd do chrooted do OpenBSD)
if [ X"${mysql_server_flags-NO}" != X"NO" -a -x /usr/local/bin/mysqld_safe ]; then
rm -R /var/www/var/run/mysql
mkdir -p /var/www/var/run/mysql
chown _mysql:_mysql /var/www/var/run/mysql
echo -n 'MySQL server: '; /usr/local/bin/mysqld_safe --user=_mysql ${mysql_server_flags} &
sleep 10
ln -f /var/run/mysql/mysql.sock /var/www/var/run/mysql/mysql.sock
fi
Espero que isso ajude.